良い悪いはともかく、最近聞く「分祀」の解釈、私の知識と違ってるんですが。
っつーわけで、goo辞書で調べてみた。

ぶんし 0 1 【分▼祀/分▼祠】

（名）スル
本社と同じ祭神を他所の新しい神社にまつること。また、その新しい神社。


三省堂提供「大辞林 第二版」より

ですよねぇ。
「靖国神社のA級戦犯分祀せよ」を文字通り捉えるなら、「靖国神社の分社をつくるべし」になりますよねぇ。その意図を推察すると、「日本の隅々までA級戦犯の加護を」とかになりそうな。

でも、新聞とかみるとそういう解釈じゃないんですよね。
多分私の解釈が間違ってるんでしょう。
日本語のプロともいうべき新聞記者がそんな間違いをするはずないし。
一介の理系出身者や、ハッキングされた可能性を否定できないネットの辞書なんかの国語力なぞは信ずるに値しませんから。

追記：中の人は私と同じ認識っぽいですね。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20050609-00000014-yom-pol

『分祀』の意味を誤解した議論がなされていることに深い憂慮の念を禁じ得ない」